home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00107 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  2.7 KB  |  58 lines
  1. *************************************
  2. * DNA polymerase family B signature *
  3. *************************************
  4.  
  5. Replicative  DNA polymerases (EC  2.7.7.7) are the key enzymes  catalyzing the
  6. accurate  replication of DNA.   They require either a small RNA molecule or  a
  7. protein as a primer for the de novo synthesis of a DNA chain.  On the basis of
  8. sequence similarities  a number of DNA polymerases have  been grouped together
  9. [1 to 7]  under the designation of DNA polymerase family B.    The polymerases
  10. that belong to this family are:
  11.  
  12.  - Higher eukaryotes polymerases alpha.
  13.  - Higher eukaryotes polymerases delta.
  14.  - Yeast polymerase  I/alpha (gene POL1),  polymerase II/epsilon  (gene POL2),
  15.    polymerase III/delta (gene POL3), and polymerase REV3.
  16.  - Escherichia coli polymerase II (gene dinA or polB).
  17.  - Archaebacterial polymerases.
  18.  - Polymerases of viruses from the herpesviridae family.
  19.  - Polymerases from Adenoviruses.
  20.  - Polymerases from Baculoviruses.
  21.  - Polymerases from Chlorella viruses.
  22.  - Polymerases from Poxviruses.
  23.  - Bacteriophage T4 polymerase.
  24.  - Podoviridae bacteriophages Phi-29, M2, and PZA polymerase.
  25.  - Tectiviridae bacteriophage PRD1 polymerase.
  26.  - Polymerases encoded  on mitochondrial linear  DNA plasmids in various fungi
  27.    and plants  (Kluyveromyces lactis pGKL1 and pGKL2,  Agaricus bitorquis pEM,
  28.    Ascobolus immersus pAI2,  Claviceps purpurea pCLK1,  Neurospora Kalilo  and
  29.    Maranhar, maize S-1, etc).
  30.  
  31. Six regions of similarity (numbered from I to VI) are found in all or a subset
  32. of the above polymerases.  The most conserved region  (I) includes a conserved
  33. tetrapeptide  which  contains  two  aspartate residues.   The function of this
  34. conserved region is not  yet known, however it has been suggested [3] that  it
  35. may be involved in binding a magnesium ion.  We selected this conserved region
  36. as a signature for this family of DNA polymerases.
  37.  
  38. -Consensus pattern: [YA]-[GLIVMSTAC]-D-T-D-[SG]-[LIVMFTC]-x-[LIVMSTAC]
  39. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  40.  for yeast polymerase II/epsilon and Agaricus bitorquis pEM.
  41. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 3.
  42. -Last update: June 1994 / Text revised.
  43.  
  44. [ 1] Jung G., Leavitt M.C., Hsieh J.-C., Ito J.
  45.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 84:8287-8291(1987).
  46. [ 2] Bernad A., Zaballos A., Salas M., Blanco L.
  47.      EMBO J. 6:4219-4225(1987).
  48. [ 3] Argos P.
  49.      Nucleic Acids Res. 16:9909-9916(1988).
  50. [ 4] Wang T.S.-F., Wong S.W., Korn D.
  51.      FASEB J. 3:14-21(1989).
  52. [ 5] Delarue M., Poch O., Todro N., Moras D., Argos P.
  53.      Protein Eng. 3:461-467(1990).
  54. [ 6] Ito J., Braithwaite D.K.
  55.      Nucleic Acids Res. 19:4045-4057(1991).
  56. [ 7] Braithwaite D.K., Ito J.
  57.      Nucleic Acids Res. 21:787-802(1993).
  58.